Làm thủ tục thông quan đang trở thành áp lực lớn với nhiều doanh nghiệp khi thời gian giao hàng quốc tế ngày càng gấp và yêu cầu tuân thủ hải quan ngày càng chặt chẽ.
Theo các báo cáo xuất nhập khẩu giai đoạn 2026-2026, kim ngạch xuất khẩu Việt Nam tiếp tục tăng mạnh. Riêng ngành thủy sản đã vượt mốc 11,34 tỷ USD trong năm 2026. Các thị trường như Hoa Kỳ, EU, Trung Quốc và Nhật Bản đồng thời siết chặt yêu cầu truy xuất nguồn gốc, kiểm dịch và hồ sơ hải quan. Điều này khiến việc khai báo chính xác ngay từ đầu trở thành yếu tố sống còn.
Bài viết dưới đây hướng dẫn chi tiết quy trình mở tờ khai, chuẩn bị hồ sơ và thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định mới nhất để doanh nghiệp hạn chế rủi ro và tăng tốc độ thông quan.
Các nguyên tắc cần biết trước khi làm thủ tục thông quan
Khái niệm thông quan và mở tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định mới
Thông quan là quá trình cơ quan hải quan chấp thuận cho hàng hóa được xuất khẩu hoặc nhập khẩu sau khi hoàn thành các nghĩa vụ kiểm tra và khai báo. Đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ, hàng hóa được giao nhận trong lãnh thổ Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài nhưng vẫn phải thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan.
Theo quy định sửa đổi của Luật Hải quan năm 2026, hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ tiếp tục thuộc diện giám sát hải quan và phải mở tờ khai riêng cho từng giao dịch.
Trường hợp bắt buộc thực hiện thủ tục mở tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ
- Doanh nghiệp chế xuất bán hàng cho doanh nghiệp nội địa theo chỉ định đối tác nước ngoài.
- Giao dịch gia công hàng hóa giữa doanh nghiệp Việt Nam và thương nhân nước ngoài.
- Hoạt động thuê, mượn máy móc thiết bị theo hợp đồng quốc tế.
- Mua bán nguyên vật liệu phục vụ sản xuất xuất khẩu.
- Chuyển giao thành phẩm theo hợp đồng ba bên.
- Giao nhận hàng trong khu phi thuế quan theo chỉ định nước ngoài.
Hồ sơ doanh nghiệp cần chuẩn bị trước khi khai báo
Doanh nghiệp cần chuẩn bị hợp đồng thương mại, hóa đơn thương mại, packing list, vận đơn nếu có, giấy chứng nhận xuất xứ và các giấy phép chuyên ngành liên quan. Hồ sơ càng đầy đủ thì khả năng phân luồng xanh càng cao.
| Chứng từ | Bắt buộc | Mục đích | Thời điểm nộp |
|---|---|---|---|
| Hợp đồng | Có | Chứng minh giao dịch | Khai báo |
| Invoice | Có | Xác định trị giá | Khai báo |
| Packing List | Có | Chi tiết hàng hóa | Khai báo |
| C/O | Tùy trường hợp | Ưu đãi thuế | Thông quan |
| Giấy phép chuyên ngành | Nếu có | Kiểm tra điều kiện | Trước thông quan |
Ví dụ, Công ty Mekong Fruit tại Tiền Giang xuất xoài sang Thượng Hải đã giảm 18 giờ xử lý hồ sơ nhờ chuẩn hóa chứng từ điện tử trước khi khai báo. Trong khi đó, Công ty Minh Hải Seafood tại Cà Mau tránh được chi phí lưu bãi 22 triệu đồng nhờ hoàn thiện chứng thư kiểm dịch trước ngày tàu chạy.
Dựa trên kinh nghiệm của HNT LOGISTICS, doanh nghiệp nên kiểm tra tính đồng nhất giữa Invoice, Packing List và mã HS trước khi truyền tờ khai nhằm hạn chế nguy cơ bị chuyển luồng vàng hoặc luồng đỏ.
Quy trình làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu và xuất khẩu từng bước
Bước 1: Xác định mã HS và mã loại hình phù hợp
Mã HS quyết định thuế suất, chính sách quản lý và nghĩa vụ kiểm tra chuyên ngành. Sai mã HS có thể dẫn đến truy thu thuế hoặc xử phạt hành chính.
Bước 2: Chuẩn bị chứng từ khai báo hải quan
Bộ chứng từ cần được kiểm tra kỹ về tên hàng, số lượng, trị giá và điều kiện Incoterms. Doanh nghiệp nên số hóa hồ sơ để thuận tiện lưu trữ.
Bước 3: Đăng ký và truyền tờ khai trên hệ thống VNACCS
Sau khi khai báo, hệ thống sẽ tự động phân luồng. Luồng xanh được thông quan nhanh. Luồng vàng yêu cầu kiểm tra hồ sơ. Luồng đỏ cần kiểm tra thực tế hàng hóa.
Bước 4: Kiểm hóa, phân luồng và hoàn tất thông quan
- Đăng ký hồ sơ trên hệ thống VNACCS.
- Nhận kết quả phân luồng.
- Bổ sung chứng từ theo yêu cầu.
- Thực hiện kiểm hóa nếu cần.
- Nộp thuế và lệ phí.
- Nhận quyết định thông quan.
| Luồng | Mức độ kiểm tra | Thời gian trung bình | Rủi ro |
|---|---|---|---|
| Xanh | Tự động | 1-4 giờ | Thấp |
| Vàng | Kiểm tra hồ sơ | 4-24 giờ | Trung bình |
| Đỏ | Kiểm hóa thực tế | 1-3 ngày | Cao |
| Chuyên ngành | Kiểm tra bổ sung | 3-7 ngày | Cao |
Một doanh nghiệp gỗ tại Bình Dương xuất hàng từ Cát Lái đi Los Angeles đã giảm thời gian thông quan từ 48 giờ xuống còn 12 giờ nhờ khai báo trước ngày đóng container. Trong khi đó, Công ty Điện tử Đông Nam tại Đồng Nai tránh được truy thu hơn 180 triệu đồng sau khi rà soát lại mã HS trước khi xuất khẩu.
Theo chuyên gia tại HNT LOGISTICS, việc đối chiếu mã loại hình ngay từ bước lập hợp đồng giúp hạn chế nhiều sai sót phát sinh ở giai đoạn kiểm tra sau thông quan.
Hướng dẫn thủ tục mở tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ từ A-Z
Điều kiện áp dụng xuất nhập khẩu tại chỗ
Hoạt động này chỉ áp dụng khi có sự tham gia của thương nhân nước ngoài và hàng hóa được giao nhận tại Việt Nam theo chỉ định trong hợp đồng.
Hồ sơ và chứng từ cần có
- Hợp đồng với thương nhân nước ngoài.
- Hóa đơn thương mại hợp lệ.
- Phiếu đóng gói chi tiết.
- Chứng từ thanh toán theo hợp đồng.
- Biên bản giao nhận hàng hóa.
- Tờ khai xuất khẩu tại chỗ và nhập khẩu tại chỗ.
Quy trình xử lý giữa bên bán, bên mua và thương nhân nước ngoài
Bên xuất khẩu tại chỗ thực hiện khai báo trước. Sau đó bên nhập khẩu tại chỗ mở tờ khai tương ứng. Cơ quan hải quan đối chiếu dữ liệu giữa hai bên trước khi chấp thuận hoàn tất giao dịch.
Các lỗi thường khiến tờ khai bị từ chối
Các lỗi phổ biến gồm sai mã loại hình, khai thiếu trị giá, thiếu chứng từ thanh toán hoặc không thống nhất thông tin giữa hai bên giao dịch.
Công ty Agro Mekong tại Long An từng bị từ chối tờ khai do sai thông tin người nhận hàng theo chỉ định đối tác Singapore. Sau khi điều chỉnh, doanh nghiệp hoàn tất thủ tục trong vòng 24 giờ.
Một doanh nghiệp cơ khí tại Hải Phòng phát sinh lưu kho ba ngày do khai sai mã loại hình E42. Việc rà soát hồ sơ từ đầu giúp tiết kiệm gần 35 triệu đồng chi phí phát sinh.
Những lưu ý khi thực hiện thủ tục xuất hàng đi nước ngoài và thủ tục nhập hàng
Yêu cầu kiểm dịch và kiểm tra chuyên ngành
Các thị trường lớn đang tăng cường kiểm soát truy xuất nguồn gốc. Thủy sản xuất sang Hoa Kỳ và EU phải đáp ứng yêu cầu về khai thác hợp pháp, kiểm dịch và chứng nhận chất lượng.
Lưu ý về container lạnh và booking tàu
Nhiều hãng tàu ghi nhận tình trạng thiếu container cục bộ tại Cát Lái và Cái Mép trong các mùa cao điểm xuất khẩu. Điều này làm tăng thời gian chờ cấp container từ 15-20% so với kế hoạch.
Rủi ro phát sinh chi phí lưu container và lưu bãi
- Đặt booking quá sát ngày tàu chạy.
- Thiếu chứng thư kiểm dịch.
- Khai sai trọng lượng container.
- Không cập nhật cut-off mới của hãng tàu.
- Thiếu giấy phép chuyên ngành.
- Phân luồng đỏ ngoài dự kiến.
| Rủi ro | Nguyên nhân | Chi phí phát sinh | Biện pháp |
|---|---|---|---|
| Lưu bãi | Chậm thông quan | Cao | Khai trước |
| Demurrage | Trả container muộn | Cao | Quản lý lịch tàu |
| Detention | Giữ container lâu | Trung bình | Hoàn trả đúng hạn |
| Rớt tàu | Trễ cut-off | Rất cao | Booking sớm |
Một nhà xuất khẩu thanh long tại Bình Thuận đã duy trì nhiệt độ 5 độ C xuyên suốt tuyến Cát Lái – Thâm Quyến, giúp tỷ lệ hao hụt giảm còn dưới 2%. Trong khi đó, doanh nghiệp thủy sản tại Sóc Trăng tiết kiệm hơn 12% chi phí logistics nhờ đặt container lạnh trước mùa cao điểm.
HNT LOGISTICS khuyến nghị doanh nghiệp xuất khẩu nông sản và thủy sản nên chốt lịch booking sớm từ 10-14 ngày để đảm bảo nguồn container lạnh ổn định trong mùa cao điểm.
Giải pháp giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian làm thủ tục thông quan
Ứng dụng dịch vụ khai thuê hải quan chuyên nghiệp
Đơn vị khai thuê giàu kinh nghiệm có thể giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót hồ sơ và giảm nguy cơ kiểm tra bổ sung.
Tối ưu chứng từ và quản trị hồ sơ xuất nhập khẩu
Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình chuẩn hóa dữ liệu, lưu trữ chứng từ điện tử và kiểm tra chéo giữa các phòng ban.
Kinh nghiệm thực tế từ doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam
- Chuẩn hóa bộ chứng từ trước ngày đóng hàng.
- Đối chiếu mã HS định kỳ.
- Theo dõi lịch tàu hàng tuần.
- Cập nhật quy định thị trường nhập khẩu.
- Kiểm tra giấy phép chuyên ngành trước khai báo.
- Sử dụng phần mềm quản lý hồ sơ tập trung.
Xu hướng hải quan điện tử và logistics 2026
Xu hướng số hóa hải quan đang giúp rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ. Các doanh nghiệp có hệ thống quản trị dữ liệu tốt thường đạt tỷ lệ phân luồng xanh cao hơn.
Một doanh nghiệp xuất khẩu cá tra tại An Giang đã giảm 40% thời gian xử lý hồ sơ nhờ tích hợp dữ liệu ERP với quy trình khai báo hải quan. Một nhà sản xuất linh kiện tại Bắc Ninh cũng giảm 30% lỗi chứng từ sau khi áp dụng hệ thống kiểm soát dữ liệu tập trung.
Làm thủ tục thông quan hiệu quả không chỉ giúp hàng hóa được giải phóng nhanh mà còn giảm đáng kể chi phí logistics và rủi ro pháp lý trong hoạt động xuất nhập khẩu.
- Kiểm tra chính xác mã HS trước khi khai báo.
- Chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ hải quan.
- Mở tờ khai đúng mã loại hình.
- Theo dõi phân luồng và phản hồi kịp thời.
- Đặt container và booking sớm.
- Cập nhật quy định kiểm dịch mới nhất.
- Sử dụng đơn vị logistics chuyên nghiệp khi cần.
Trong bối cảnh xuất khẩu Việt Nam tiếp tục tăng trưởng mạnh và yêu cầu tuân thủ quốc tế ngày càng cao, doanh nghiệp cần chủ động chuẩn hóa quy trình hải quan từ sớm. Việc phối hợp cùng đơn vị logistics giàu kinh nghiệm sẽ giúp kiểm soát tốt chi phí, hạn chế phát sinh và đảm bảo tiến độ giao hàng. HNT LOGISTICS hiện là đối tác tư vấn và vận hành logistics đáng tin cậy cho nhiều doanh nghiệp xuất khẩu nông sản, thủy sản và hàng công nghiệp trên toàn quốc.
